临床上较为常见的症状主要是排尿疼痛、尿频和尿急，同时出现尿道口和大腿根部的瘙痒和烧灼感。
这是近日来不少患者到男科进行就诊时的问题，他们觉得自己患上的可能就是一般性的细菌性尿道炎而不是滴虫性尿道炎。临床上滴虫性尿道炎和细菌性尿道炎的症状的确有很多相似之处，但是两者的病因和治疗方法截然不同。
全身症状，滴虫引起的尿道炎不仅仅是损伤尿道而已，还会引发明显的全身症状。较为常见的全身症状是出现发热，患者会在体温升高的同时感觉体表寒冷，同时感觉身体格外疲惫，还有些患者甚至会出现明显的胃肠不适症状以及失眠等影响生活的症状。
排尿异常，滴虫性尿道炎会导致尿道内出现大小不同的破损，因此在进行排尿的时候会出现明显的疼痛感。病情较为严重的滴虫性尿道炎会由于炎症直接破坏了正常的排尿机能，造成患者在排尿的时候无法将尿液排净，导致患者排尿淋漓不尽。
尿道口异常，尿道炎会直接破换尿道口皮肤黏膜的防御功能，导致尿道口部分皮肤出现异常的应激反应产生瘙痒的感觉。当炎症侵袭较为严重的时候就会导致尿道口皮肤破损，引起尿道口烧灼般的疼痛。并且在长时间不排尿后进行排尿时会出现一些脓性物质，颜色从乳白色到乳有色颜色都有。
由于症状的前两种表现与常见的细菌性尿道炎表现很相似，所以很多患者才会觉得自己仅仅是常见的细菌性尿道炎而使用一些广谱抗菌药物进行治疗，直到发现症状并没有减轻反而是加重的时候到医院进行检查才被确诊为是滴虫性尿道炎。
在临床上并没有非常明显的与细菌性尿道炎症状不同的地方，但是两者的致病因有效不同，前者是由于滴虫感染所致，而后者则仅仅是由于受到了细菌感染引发;前者在进行治疗的时候需要进行针对性的药物应用。