包皮龟头炎在实际临床中由于患者对包皮龟头炎的认识不足和医生的不规范、不得当治疗，也使得包皮龟头炎的反复发作危害加剧。
容易被忽视而失治。由于包皮龟头炎发病率高，初期症状较轻，时好时坏，所以在日常生活中易被忽视，直到严重时就诊。到就诊时已经伴有并发症和合并症，对生殖健康系统已经造成了较大的损伤，所以要早检查早治疗。
误认为疾病而误治。当出现龟头炎时，多数患者认为是疾病，自用外用消毒消炎的清洁剂，这样局部皮肤受到强烈的化学兴奋出现红肿、渗出加剧了炎症反应，较终可形成慢性包皮龟头炎。而且也有些诊疗方法不佳的医生，或者因利益因素故意当作疾病治疗，给患者身体和经济上造成很大的伤害。
不规范的传统效果有限。临床上不规范的治疗使得病情反复发作，同时由于包皮龟头炎病程长，抗生素的不规范使用和滥用，病菌容易产生耐药性等，使得传统的治疗达不到理想的效果，长期慢性炎症对泌尿生殖健康造成影响，出现前列腺炎，阳痿早泄等疾病。
包皮过长等因素易被忽视。包皮过长也是包皮龟头炎发病和反复不愈的重要因素，如果不进行包皮过长的治疗，病菌和炎性分泌物容易藏匿与包皮里直接作用于病变部位或者新的组织结构，加剧病情或导致性的病灶，所以如果存在包皮过长需要及早治疗。